Si accede al chiostro di mezzo, solo in parte non compreso nel recinto della clausura, attraverso una porta situata sul lato sud del chiostro grande.

Il chiostro di mezzo venne realizzato nel XV secolo ed è circondato da un porticato con archi a tutto sesto poggianti su pilastri ottagonali. Sopra la porta di accesso vi è la tela raffigurante la Madonna col Bambino e angeli del XV secolo. Sulla destra dopo aver attraversato un atrio in cui sono posti un lavabo del XVI secolo e sopra l'affresco dell'Annunciazione del Riccio, si accede al Refettorio.

Quest'ultimo fu costruito nel 1387-1390. È costituito da un unico grande ambiente coperto con volta a botte ribassata e lunettata illuminato da grandi finestre rettangolari che si aprono sulla parete sinistra. Le pareti e la volta sono decorate dagli affreschi di frà Paolo Novelli che li realizzò nel 1670. Sulla parete di fondo è posta la tela raffigurante l'Ultima Cena di Lino Dinetto (1948) in luogo di un antico affresco avente come soggetto lo stesso tema, attualmente in gran parte perduto.